Όργανα διοίκησης του Προγράμματος αποτελούν, σύμφωνα με τον Νόμο:

Α. Η Ειδική Διατμηματική Επιτροπή (Ε.Δ.Ε.). Εν προκειμένω, η Ε.Δ.Ε. αποτελείται από δύο (2) μέλη Δ.Ε.Π. του Τμήματος Μηχανολογίας και τρία (3) μέλη Δ.Ε.Π. του Τμήματος Ηλεκτρολογίας καθώς και δύο (2) μεταπτυχιακούς φοιτητές.

Β. Ο Διευθυντής, ένας εκ των μελών της Σ.Ε., ο οποίος επίσης εκλέγεται από την Ε.Δ.Ε.

Η έδρα του Δ.Π.Μ.Σ. στα «Ενεργειακά Συστήματα» βρίσκεται στη Σχολή Μηχανικών του Ελ.Με.Πα., στο Ηράκλειο, περιοχή Εσταυρωμένος.